第一次全国经济普查工作分为五个阶段进行。2004年12月底前为准备阶段；2005年1月－4月为填报阶段；2005年2月－8月为数据处理、评估和上报阶段；2005年9月－2005年底为数据发布工作总结和评比表彰阶段；2005年9月―2006年底为资料开发应用阶段。